what should be put into the lab notebook
Posted by LC | Filed under tip
Keep all your notebooks, which might be important supporting evidence after many years
Keep every page of the notebook
Do not write on the notebook with pencil, or any other means which can be easily erased
The first 2~4 pages of the notebook should be used as the reference points to plasmid design pages, important experiments, etc
Only put what you did in the notebook, and maybe a quick summary and what you learnt
If you want to record experiments using short code, please put down explanations to your short code in the first page; because your notebooks will be read by other people and you don't want them to spend days to just decipher your language
For imaging experiments involving microscopy: create individual folder for every experiment, with year-month-day as part of the folder name; I'd like to include cell type, treatment, channels, objective used, z-step size, time interval in the folder name as well. In the notebook, write down the information about how the cells were treated and imaging settings
For molecular cloning experiments, keep every gel picture - either: tape it in the notebook and clearly mark every line, how it was digested, PCRed, etc; or: save the images and include those information in the file names (please do remember to make backup copies of the digital data)
While making DNA constructs, keep note of any modification to existing vectors, and create a digital record in Vector NTI for every significant modification
For protein gels or Western experiments: write down how the samples were prepared, from how many cells or what's the size of the culture dish and the confluency, what and how much lysis buffer was used, how much was loaded onto the gel, etc; and, write down the primary, secondary antibody used, with their dilution and incubation condition
When trying out a new experimental protocol, write down every detail, either directly in the notebook, or on the obtained printout and tape it back when done. Once the protocol is working, make a digital version and post to the wiki
still a work in progress
以下摘自中科院神经所蒲慕明所长在2012年会的讲话
Previous Post Next Post1. 个人实验记录本的规范
下面我再谈谈实验记录本的问题，虽然我过去强调过一定要认真完成实验记录，但是我今天要有系统地再谈一下这个问题。
首先要强调实验记录本不是你个人的，它属于你所在的实验室，而且是实验室必需保存的重要资料。当你离开实验室时，所有的原始实验记录本都必须保留在实验室，你可以带走影印的副本，原件必须保留在实验室。实验记录本要保留在实验室，实验记录也必须非常仔细地完成。为什么要仔细记录呢？我不知道是否同学们认真思考过这个问题？我认为实验记录的目的包括：（1）整理自己的思路，（2）实验的历史记录，（3）帮助自己回忆实验过程，（4）有助于他人重复你的实验，（5）在有不端行为控诉时，有为自己辩护的材料。
实验记录本是一件能够帮助整理自己思路的，很重要的工具。实验记录本上应该有做实验的目的，也应该能够反映出你整个实验的过程。你做实验记录的过程实际上也是你整理自己思路的过程。实验的历史记录。实验记录本上的内容也是你实验的历史，它能够帮助你回忆自己过去的实验过程。有可能实验完成若干年以后，你已经忘记了实验的内容和实验的目的，这个时候实验记录本可以帮助你回忆实验的过程。实验记录本不单单帮助你自己回忆，也能够帮助别人重复你的实验，这一点更加重要。几年以后，也许你的师弟师妹要开展下一步的工作，必须重复你的实验，你的实验记录本就是他（她）的“经典”资料，他必须根据你的实验记录来重复实验。如果实验结果出了问题（过去我们所发生过类似的事件），我们就必须详细地审查过去的实验记录本，查看当初到底是怎么回事。所以当有控诉不端行为的时候，实验记录本也是为自己辩护的材料。假如是有很好的记录，你就有很好的资料来为自己辩护。
实验记录本上应该有5项内容，请大家一定要记住，别的内容可以不记录，这5项内容必须齐全。（1）日期（记录本必需是装订好有印好页数的本子，不能是活页本），（2）实验的名称，（3）实验目的的简短说明，（4）实验的叙述，（5）结果的总结（和解释）。
几年前我就要求所里的研究生在做年度进展报告的时候要提供实验记录本，我参加的时候都会翻阅一下。虽然没有仔细去看，但还是看到很多问题，这5项一般都不全。第一项日期都是有的。必需强调一点，实验记录本必须是装订好的，不能是活页的本子（神经所有统一制作的实验记录本，所有记录本均有编号和领用记录），这是所有实验记录本的规矩，尤其是在工业界。将来无论你从事哪一行，科学研究也好，工业界也好，这个规矩是通用的。你现在养成良好的习惯，对你将来的事业是很有帮助的。
实验的名称大家都没写。实验名称要写明是做什么实验，比如今天是“测量cAMP的水平”或者“测量在XX条件变化下XX基因的表达水平”等等，一般来说简单一句话即可。名称下面，应该用简短的一段话说明实验的目的，即为什么要做这个实验，比如“之前得到了XX结果，所以今天要做XX实验”。之后就要叙述实验的过程，写清楚这个实验是怎么做的。比如今天做的是麻醉动物的电生理记录，那么至少要写清楚“什么时候开始麻醉，如何麻醉，多少剂量，什么内容等等”，总之要把实验的详细内容叙述清楚。我经常看到同学的实验记录本上大部分是数字、剂量，缺少详细的描述过程，有些数字只有实验者本人知道代表的意思，外人或者其他需要重复你实验的人很难理解。实验叙述完以后，还应该有对结果的总结或解释。按照实验的类别不同，有的结果需要分析后得出，但是有的结果当场就可以分析（解释）。即使当时分析不出来，我也建议你分析好以后补充进去。比如“今天得到的数据，发现麻醉剂量过度，因此得到的数据数量有限，造成实验可能不成功，下次实验应该改变什么样的剂量”。
实验记录的5项内容，一般花个十分钟就可以完成了。既然你已经做了一天的实验，为什么不能再花十分钟把实验记录做完整呢？我希望大家做完实验马上写实验记录，写完实验记录才算完成了一天的实验任务。养成良好的实验记录习惯，将来受惠无穷。如果将来你去做博士后，你的导师翻开你的实验记录本，这5项内容都有，他将会印象深刻。假如看到的是我们现在的实验记录本，就会觉得离标准实在太远了。
2. 必须保存原始数据资料
现在很多数据资料不是记录在实验记录本上的，数字化的数据是保存在磁盘或者计算机中的。这类原始数据资料必须妥善保存。几年前美国显微镜学会（Microscopy Society of America）制定了有关数字化图像的处理规定，他们定义了符合科研道德的处理数字化图片的方式（Ethical digital image processing, Microscopy Today, Nov/Dec 2003, p. 61）。他们认为，图片资料存档如保存在CD-R光盘上，该图片资料必须是未经压缩或其他操作处理的原始图片资料。这么做的目的是什么呢？假如你在CD上保存的是处理过的图片，将来写论文的时候，如果需要改变图片的某一个参数（如对比度），你在CD上的图片已经经过处理，再也无法找到原始的图片。所以保存在CD 上的必须是最原始的资料，即使你要保存处理过的资料，你必须另外存一份原始资料。图像文件资料的处理和生成的所有参数，随后的处理步骤等，都必须存档并记录，以保证资料能够被重新处理组成。你在实验记录本上，必须详细地记录你未处理过的资料保存在什么地方，处理过的资料保存在什么地方，这样别人才能通过实验记录最终找到原始的资料。电生理的数据也是一样。比如，你应该保存所有原始的膜电位或脉冲数据，而不是经过分析后的图表。
实验室组长要监督这些事情。在写论文之前，实验室组长必须要检查过所有的原始数据。虽然这很困难，但却是不可避免的工作。实验室组长要注意实验的细节和原始数据资料，不要只看最后组成的图表。实验室组长还应该培育良好的实验室文化，尊重实验操作符合伦理的态度，强调规范地做好实验记录。希望各位组长能够一起努力做到这一点。